【あらすじ・ネタバレなし】映画ボーン・レガシー（時間軸・続編情報も）

”ブラックブライアー”作戦の存在を新聞にすっぱ抜かれたことに焦った、CIAのエズラ・クレイマー長官（スコット・グレン）は、正攻法の対処方法とは別に、元海軍大将マーク・ターソ（ステイシー・キーチ）を介して、米国調査分析局のリック・バイヤー（エドワード・ノートン）に、この件の火消しを依頼する。

リック・バイヤーは、チームを率いて過去のCIAの秘密作戦を徹底して調査した。その上で、関係者をトカゲの尻尾のように始末することこそが、進行中の作戦への被害を食い止める最善の策だと判断する。

アーロン・クロス（ジェレミー・レナ―）は、2種類の錠剤（緑と青）を補給するため補給小屋へと、リスクを冒してでも大急いで向かう。

ステリシン・モルランタ社は、工作員の定期的な精密検査をアウトソースされている。今日もマルタ・シェアリング博士（レイチェル・ワイズ）が、”No.6”と呼ばれる屈強な黒人工作員の検査を受け持っている。もちろん、この工作員も緑と青の錠剤を服用している。

”トレッドストーン”作戦と”ブラックブライアー”作戦それぞれの最重要関係者アルバート・ハーシュ博士（アルバート・フィニー）とダン・ヒルコット博士（ニール・ブルックス・カミンガム）の関係が世間に露見し、いよいよリック・バイヤー（エドワード・ノートン）は、関係者の抹殺が必要だと意を強くする。

アーロン・クロス（ジェレミー・レナ―）が補給小屋に着くと、そこにも自分と同様の工作員と思しき連絡員が待ち構えていた。錠剤を所望するアーロンに、その連絡員はなかなか薬を差し出さない。

補給小屋は、定期的に無人偵察ドローンが飛来し、補給物資を受け取る代わりに、ここに出入りする工作員の血液サンプルを送る。血液サンプルの送り先はステリシン・モルランタ社だ。アーロンは連絡員に、自分の他に何人の工作員がいるのか尋ねるが、連絡員は口を割らない。

某所で人目を避けて、陸軍中将がリック・バイヤー（エドワード・ノートン）に秘密裏の面談し、何とかアウトカム作戦を再開出来ないかと交渉するが、リック・バイヤーは、これは中止ではなく停止であり、今はリスク回避のための一時停止しか選択肢が無いと会話を打ち切る。

背景には、ジェイソン・ボーンがニューヨークで仕掛けた、過去の作戦の告発があった（前作「ボーン・アルティメイタム」で描かれた通り）。

世界各国で、工作員たちが常用する錠剤が、緑と青の物から黄色の物に切り替えらえ、程なくして彼らは次々と急死する。アメリカ国内でも、パキスタンのカラチでも、韓国のソウルでも。

山小屋では、アーロン・クロスが、悪天候の中にも関わらず飛行体が近づいていることに気付く。アーロンが幸運にも小屋の外に出たタイミングで、飛行体から放たれたミサイルが山小屋を連絡員ごと吹き飛ばした。

飛行体は無人偵察ドローンで、アメリカ軍の物であること、ドローンが追尾するのは工作員の脇腹に埋め込まれたチップから発する電波であることに気付いたアーロン。小屋からダッシュで離れつつ、脇腹に金属製の皿を貼付け、電波の発出を止め、一旦ドローンを振り切る。

追尾方法を赤外線に切り替え、再度近付くドローンを、持っていたライフルで何とか狙撃し撃墜して、急場をしのぐアーロン・クロス（ジェレミー・レナ―）。次なるドローン機が緊急派遣されることを想定し、脇腹のチップを強引にほじくり出し、林の中に急造で仕掛けた罠で捕らえた狼の胃の中に無理やり押し込む。

2機目のドローンは、荒天の中電波探知を頼りにミサイルを発射したため、狼をアーロン・クロスと誤認し、爆撃成功と勘違いして引き上げる。

山小屋の残骸の中から緑と青の錠剤を探すアーロンであったが、爆熱で全て溶解してしまい、補充の薬は得られなかった。

イギリスの”ガーディアン”紙の記者サイモン・ロスが、CIA の ”ブラックブライアー”作戦の存在を嗅ぎ付け、ジェイソン・ボーンの実名と共に、署名記事にして世間に公表。

CIA長官のエズラ・クレイマー（スコット・グレン）は、6週間前にジェイソン・ボーンがモスクワに現れてから、色々と手を尽くしてきたが、遂に世間に違法な秘密作戦の存在が露見してしまった。そこで保身の為に、個人的に親交のある元海軍大将マーク・ターソ（ステイシー・キーチ）をメリーランド州ベセスダの自宅にまで訪ね、今後の対応について相談する。

ターソはクレイマー長官に対してそれほど好意的な反応は示さなかったものの、即座にバージニア州レストンに、リック・バイヤー（エドワード・ノートン）を訪ね、クレイマー長官からの依頼を申し伝える。

リック・バイヤーは、大雨の日も日課のジョギングを欠かさないようなストイックな男で、ワシントンDCにある米国調査分析局でチームを率いる、いわゆる”イレイサー”（もみ消し屋）だ。ターソの依頼から1週間、チームの部下たちと夜も徹してCIAの情報を読み解き、”トレッドストーン”、”ブラックブライアー”、”アウトカム”、”ラークス”作戦の情報収集に努める。

判ったことの1つに、上述の作戦の一環でCIAから特殊な施術や訓練を受けてきた者は皆、緑（身体用）と青（精神用）の錠剤が手離せないのに、ジェイソン・ボーンだけは、トレッドストーン1期生として最長の年月が経過しているのにも関わらず、薬の服用を必要としない特殊事例である点が挙げられる。

リック・バイヤー（エドワード・ノートン）は、ジェイソン・ボーンも重要だが、今はスキャンダルの被害を最小限に食い止めることが最優先事項で、そのために組織の患部をどこまで切り落とすかの見極め、すなわちドジなCIAの尻ぬぐいに集中しろと、冷酷に部下に釘を刺す。

アーロン・クロス（ジェレミー・レナ―）は、定期的な補給等のため、中継地点になっている山小屋に移動している。その間も指定された血液サンプルの採取や、錠剤の摂取は欠かさない。ただし、錠剤の残りは少なくなってきており、断崖絶壁を飛び越えたり、急な斜面をフリークライミングで登ったりと、リスクを省みず先を急ぐ。

ロンドンではウォータールー駅で、サイモン・ロス記者が何者かに狙撃されて即死する。リック・バイヤー（エドワード・ノートン）は、CIAのこうした拙く短絡的な対処方法に大いに苛立つ。

ステリシン・モルランタ社では、厳重な警備によって守られている研究所にマルタ・シェアリング博士（レイチェル・ワイズ）が通勤してくる。シェアリング博士は研究チームの一員で部下の論文を査読するような指導的立場でもありつつ、”No.6”とナンバリングされた屈強な黒人兵士の精密検査も受け持つ。

No.6 は、7月以来3か月ぶりの検査にアポ無しで現れ、今から行われる血液・コリン数値・神経組織・移植部分・骨髄・脊髄の検査に不満を持っている。 首にはアーロン・クロス（ジェレミー・レナ―）と同じ薬箱が下げられていることから、アーロンと同じ立場の工作員のようだ。

”トレッドストーン”作戦と”ブラックブライアー”作戦を、医療面から牽引してきた神経精神病学会の重鎮、アルバート・ハーシュ博士（アルバート・フィニー）とダン・ヒルコット博士（ニール・ブルックス・カミンガム）の両名は、1987年から懇意であったことを裏付ける動画がYouTubeに上がっていることが露見。

このままでは、現在査問対象になっている両作戦の巻き添えを食って、現在進行中の”アウトカム”作戦も危機に陥ると、マーク・ターソ（ステイシー・キーチ）とリック・バイヤー（エドワード・ノートン）は主張する。両博士に対しても即座に対処すべきだと示唆する。

アーロン・クロス（ジェレミー・レナ―）は、補給所の山小屋に予定より大幅に早く到着する。補給地点で連絡員役をしている工作員（オスカー・アイザック）は、想定外の来訪を警戒し、木に登ってアーロンを監視していた。その様子に気付いていたアーロンの目の前で、連絡員は木の高所から飛び降りても無事に地面に着地した。どうやら2人とも驚異的の身体能力を獲得しているようだ。

補給所の山小屋は、各種アンテナが完備され、ライフルや銃弾も大量に保管されている拠点だ。アーロン・クロスは、ここに向かう途中狼の群れに追いかけられたせいで薬（身体用のグリーン・精神用のブルー）を紛失した、だから早く薬を補充してくれとウソを付く。薬は小屋の外の施錠されている物置に保管されているが、連絡員はその時点では薬を渡してくれない。

ニューヨークのCIA対テロ極秘調査局では、ジェイソン・ボーンがニューヨークに現れたために、ノア・ヴォーゼン（デヴィッド・ストラザーン）が部下に国家保安危機レベル5の緊急体制を指示。その部下の一人ウィリス（コーリイ・ジョンソン）は、リック・バイヤー（エドワード・ノートン）にこの状況を電話でコッソリと共有する（いよいよ、前作で描かれた告発の時が迫っている）。

補給小屋の前の平地では、連絡員（オスカー・アイザック）が、梱包した血液サンプルを無人偵察ドローンに積んで、ステリシン・モルランタ社へと送る。アーロン・クロスは連絡員に、自分のような立場の人間が、何人この補給所に出入りしているのかを尋ねるが連絡員は答えない。

夜アーロンが寝室に下がると、山小屋の梁には、過去にこの部屋に滞在したと思しき者が、ナイフで自身の名前を彫った跡が無数に残っていて、その一つにはJason Bourne の名前も見受けられた。

韓国ソウルでは、韓国人女性工作員が定常通り血液サンプルを提出すると、いつもとは異なる見慣れない錠剤を手渡される。今日からは黄色い錠剤を8日ごとに1錠飲めば良いと言われる。この変更は全工作員に対して適用されている変更だと説明される。

とある道路脇の客が居ないダイナーでは、黒人の陸軍中将とリック・バイヤー（エドワード・ノートン）が密談をしている。中将は、リック・バイヤーが下そうとしているアウトカム作戦中止の決断は、軍が進行中の作戦の内、少なく見積もっても4つに多大な影響を与える。承服出来ないと不服を申し立てる。

これに対してリック・バイヤーは中止ではなく停止だと抗弁する。中将は、過去2年間の実績として、イランのミサイル計画を36か月遅らせたこと。北朝鮮での諜報活動が進んだこと。パキスタン情報局ISIに工作員を潜り込ませられたことを上げ、アウトカム作戦の再開を促す。

色好い返答しないリック・バイヤーに対して中将は、NYに出現したのはジェイソン・ボーンだな？と訝しがり、米国調査分析局は、軍の邪魔ばかりすると不満を述べる。

そうこうしている内に、パキスタン・カラチの工作員も、緑と青の錠剤ではなく、黄色の錠剤を服用し始め、程なく鼻血を流して突然死する。黒人のNo.6、ソウルの女性工作員も同様に鼻血を流して突然死する。

一方、補給用山小屋では、緑・青の錠剤さえ補給できればその場を立ち去りたいアーロン・クロスであったが、外は生憎の荒天。これから吹雪そうな空模様である。そんな折、遠くからかすかに聞こえるプロペラ音にアーロンが気付く。

無人ドローンは昨日来たばかりだし、この荒天では着陸もままならないので、いつものドローンではないはずだ。アーロン・クロスが、連絡員を小屋に残して外に出た瞬間に、小屋はミサイル攻撃で木端微塵に吹き飛んでしまう。空を見上げると無人偵察ドローンからの攻撃だった。

これを遠隔操作しているのは、バージニア州の無人機管制本部。ドローンは目標電波を自動追尾するミサイルによって、2つの発信源を不意打ちで同時に抹殺する計画だったのだ。想定通り山小屋への着弾を確認した管制室では、ドローンを基地に帰還させようとする。

運良く難を逃れたアーロン・クロスは、山小屋から離れようと大急ぎで走る。それと同時に荷物の中からアルミ製の皿とアルミホイルを取り出し、チップが埋め込まれている脇腹にテープで貼付ける。電波の発信源が1つ、依然として動いていることを検知したドローンは、大きく旋回しながら再度この電波を追尾しようと試みるが、この応急対処により電波の発信源を見失う。

悪天候で視認も不可能なドローンは、赤外線による熱探知に切り替え、アーロンを追尾しようとする。アーロン・クロスは、大慌てでスナイパーライフルを組み立てて、ドローンの再来に備える。近づくドローンに数発の銃弾を撃ち込み、これを撃墜するアーロン・クロス。

工作員抹殺のために差し向けられたドローンが、返り討ちにあって撃墜されたことは、即座にリック・バイヤー（エドワード・ノートン）にも報告される。無人機管制本部に大急ぎで向かうリックと部下。その間に逃げたのはアーロン・クロスだと判明。どうやらリックとアーロンは旧知の仲のようだ。

次のドローンが飛来することを予測して、林の1本の木によじ登り、急ごしらえの罠を作るアーロン・クロス。山小屋に戻ると、半ば強引に脇腹に埋め込まれたチップをナイフで取り出す。それを持って再度の罠の箇所まで戻り、血の匂いを餌に狼をおびき寄せる。

狼の群れがアーロン・クロスを包囲する輪を狭めて行く中、一頭の狼が先んじてアーロンに襲いかかる。この狼を先程の罠を用いて宙吊りに捕らえると、そのまま何とか生きたまま取り押さえ、追尾用のチップを無理やり狼の口に押し込み、そのまま飲み込ませた上で罠から解き放つ。

銃で威嚇すると、狼の群れは四方八方に散って行く。2機目のドローンは、視界不良の中、電波探知のミサイルを発射するが、これはチップを飲み込んだ狼に直撃する。爆風を浴びたアーロン・クロスであったが九死に一生を得る。

爆撃後の残骸をかき分けて、緑と青の錠剤を探すアーロンであったが、薬は爆発の熱で全て溶けてしまい、一錠も回収することは出来なかった。